时隔多年，那个充满活力的体内世界再次回归。这一季的主人公依然是冒失的红血球AE3803和冷酷帅气的白血球U-1146。然而他们的工作环境变得更加恶劣：超级细菌、变异流感病毒以及一种前所未有的“惰性脂肪细胞”开始大肆破坏身体组织。更糟糕的是，身体的主人开始尝试一种极端的节食减肥法，导致营养摄入不足，能量告急。在第一季中总是躲在后面的“调节T细胞”这一次成为了关键角色，他不仅要防止免疫细胞过度反应误伤友军，还要找出潜伏在身体最深处的“癌细胞”余党。与此同时，红血球因为缺氧而频频晕倒，她必须回忆起自己运送氧气的初心。第二季的最终大战将在血管大峡谷中展开，对决一种能够伪装成人体细胞的“智能病毒”。
保持了第一季的高水准，战斗场面更加华丽，科普依然硬核但毫无说教感。新加入的角色“调节T细胞”亦正亦邪，极具魅力。节食减肥导致的身体危机这一设定非常有现实意义，让人笑着看完后立刻想下楼跑两圈。
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